Eigentlich kann es nicht an einem Master-Stellmotor liegen, da diese keinerlei Kontakt zu den Blinkern herstellen können. Die haben nur zwei Schaltstromkreise (Auf / Zu vom Stellmotor) einen Dauerplusanschluss und zwei Impulskabel, welche die Information "Tür wird aufgeschlossen" oder "Tür wird abgeschlossen" ans Steuergerät senden.
Wenn die Blinker dauerhaft leuchten, und das ganze Zeug nach warmen Platinen duftet hast du wahrscheinlich irgendwo einen Bock geschossen bei der Verkabelung. Dass das nach dem Ab- und Anklemmen der Batterie aufgetreten ist, halte ich für Zufall.
Ich würde an deiner Stelle mal damit anfangen, das Steuergerät abzuklemmen. Wenn dann die Blinker nicht mehr dauerleuchten, dann fang mal an dem Kabelbaum nachzugehen. Wahrscheinlich liegt hier der Fehler. Woran hast du die beiden Kabel zur Blinkeransteuerung aus dem JOM-Kabelbaum angeschlossen? An der Zentralelektrik beigefriemelt, in eine Steuerleitung der Blinker eingesetzt...? Der Einfachheit halber kannst du auch die beiden Steuerleitungen der Blinker am JOM-Steuergerät auspinnen. Wenn die ZV dann reibungslos funktioniert, musst du nur noch den Blinker-Steuerungskabeln nachgehen.
Auch dein Blinkerrelais könntest du mal überprüfen. Aber wenn deine Blinker dauerhaft leuchten, und die ZV nicht mehr funktioniert, tippe ich ganz stark auf einen Kurzschluss im Blinker-Kreislauf, der das Steuermodul der ZV grillt.
[Edit: Btw, die JOM-Zentralverriegleungen haben (wie die meisten billigen Dinger) immerhin zwei Master-Motoren. Einen für die Fahrerseite und einen für die Beifahrerseite. ]