Zu große Panik brauchst du meiner Meinung nach nicht haben, so leicht bricht der Dom da nicht raus.
An meinem ehemaligem GTI war der Dom auch von der Vorderseite bis über die Mitte durchgerostet (nach entfernen von der Dichtmasse war auf besagter Länge ein 1cm hoher Spalt...) und trotzdem hat sich der Dom kein bisschen Verzogen gehabt.
Trotzdem ist das wirklich unverantwortlicher Pfusch von der Werkstatt und ich hoffe du bekommst dein Geld da wieder raus.
Man kann das schon mit Flicken reparieren, aber dazu muss das rostige Blech rausgeschnitten werden und neues Blech mit ausreichender Stärke überlappend aufgeschweißt werden. (und das ganze dann ordentlich Konservieren, am besten so das der TÜV nix davon sieht )
Am besten wärs wenn du jemanden findest der das Hobbymäßig reparieren kann, von den meißten Hinterhofwerkstätten wirst du wahrscheinlich nur ähnlichen Pfusch bekommen, und ein Karosseriebauer langt halt einfach ordentlich hin (Wobei ich 2000 auch übertrieben finde).