Das Schiebedach hat Abläufe nach vorne und hinten. Wie das Auto steht ist somit egal.
Wenn beim Schiebedach nicht gerade die halbe Dichtung fehlt sind das auch bei starkem Regen eher Tropfmengen die die Abläufe abführen müssen würde ich sagen.
Das sollte kein Problem sein.
Mit recht großer Wahrscheinlicheit hat VW solche Wetterbedingungen bei der Entwicklung damals getestet.
Hast du schon kontrolliert ob die Schläuche an den Steckverbindungen auch gut zusammengesteckt sind?