Also ich würde auch die Pfropfen rausnehmen danach mit einem so genannten "Negerkeks" den Rost gründlich entfernen und anschließend mit Hamerite-Lack behandeln. Drahtbürste, ob mit der Hand oder der Maschine ist ungeeignet, da der Rost nur glasig und hart, aber nicht wirklich entfernt wird. Der Negerkeks hingegen schleift Dir den ganzen Rost weg ohne dabei das "gesunde" Blech anzugreifen.
Nachdem der Lack getrocknet ist kannst Du die Pfropfen wieder einsetzen und von unten mit Unterbodenschutz wieder versiegeln. Wenn Du möchtest, kannst Du den Pfropfen auch von oben versiegeln, damit bei einer erneuten Wasserattacke dieses nicht mehr in die Fuge zwischen Blech und Pfropfen kriechen kann.
So behandelt, sollte Dein Unterboden noch lange halten.