Ein ähnliches Problem hatte ich auch mal bei meinem dreitürer allerdings. Habe mir vom Schrottplatz den Motor samt Schienen besorgt. Solltest aber genau auf die Nummer von VW achten, wenn du Komfortschließung hast.
Habe dann die Seitenverkleidung abgemacht und die Schienen samt Motor gewechselt. Muss nur die Scheibe lösen, aber das ist kein Problem.
Wenn du an alle Schrauben kommen willst, würde ich das fenster halb runter machen, sonst wird's schwierig.
Anschließend die Scheibe mit Panzertape einfach oben festkleben, und in der Tür den Motor samt schienen tauschen. Dann Scheibe wieder runter, leicht befestigen und die Schienen anschrauben und dann immer wieder hoch und runter fahren, bis die Scheiben auch wirklich gut sitzt. dann erst alles festziehen. Die Folie die zwischen Verkleidung und Fenster ist, kann man einfach ab machen.