Wenn die Bordnetzspannung weg war, z.B. durch Abklemmen der Batterie, durch eine defekte Sicherung usw., müssen die elektrischen Fensterheber nach Wiederherstellung initialisiert werden. Wenn ich mich richtig erinnere, ist die Hochlaufautomatik außer Betrieb, solange nicht initialisiert wurde.
Der Vorgang der Initialisierung ist in der Bedienungsanleitung des Golf 3 im Abschnitt "Elektrische Fensterheber" beschrieben. Das würde ich mal als erstes versuchen.