Bevor ich mir sehr viel Arbeit machen würde, würde ich vorher nochmal absolut sicherstellen, dass die Sicherung S14 (10A) ganz ist. Sie sitzt in der langen Sicherungsreihe auf der Relaisplatte im Fahrer-Fußraum.
Über sie werden die elektrischen Fensterheber mit 12 Volt (Klemme 15 = "Zünd-Plus") versorgt. Fallen diese aus, lassen sie sich über die normalen Schalter nicht mehr bedienen. Die Comfort-Schließfunktion dagegen funktioniert dann trotzdem noch.
Außerdem läuft über die S14 auch die STromversorgung für die elektrischen Außenspiegel und für die Steuerung der Sitzheizung. So wie Du den Fehler beschreibst, würde ich fast Haus und Hof verwetten, dass in dieser Gegend etwas nicht stimmt.
An der Thermosicherung kann es, wie schon gesagt, nicht liegen, weil im Fall ihres Defektes auch die Fensterbedienung via Comfortfunktion nicht mehr möglich wäre.