Wenn deine Zündung erst nach einiger versuchen eischaltet, würde ich den Zündanlassschalter vermuten.
Das ist sehr warscheinlich, da der Zündanlassschalter irgendwann immer, bei jedem Golf 3 mal aufgibt.
Dass der Wagen während der fahrt ausgeht, hat, wie schon gesagt nichts mit der Wegfahrsperre zu tun!

Übrigens greift afaik die Alarmanlage nicht in die Zündungselektronik oder in das Steuergeät vom Motor ein, die Alarmanlage ist normalerweise Autonom und schaltet sich erst ein, wenn der Wagen abgeschlossen ist, und beim Abschliessen alle Türen, der Kofferraum und die Motorhaube geschlossen sind, und auch dann dauert es ca. 30 Sek. bis diese sich voll entfaltet!