Naj, der Diagnosestecker bleibt, du musst nur das Diagnosekabel vom Motorkabelbaum 2E (ich glaube gelb-grau, 1poliger Stecker) in den Diagnoseverteiler (an der ZE) einstecken, und schon tut das!!!

Und ich dachte du hast sowas schon mal eingebaut

Ich würde übrigens keinen 2E nehmen, da der noch die Digifant-Einspritzung hat.
Und wenn du dir schon die Mühe machst und einen anderen Motor einbaust, dann würd ich es richtig machen und auf GTI16V oder G60 oder gar 16VG60 umrüsten.